北京东城区的企业公司股权变更未通过审核，可能有以下原因：

股权变更的合法性和合理性方面

内部决议程序不合规：公司内部未召开股东会或股东大会对股权变更事项进行决议，或者决议未符合公司章程规定的表决程序。

股权转让协议存在问题：协议条款不清晰、权利义务不明确，或者存在违反法律法规的内容；转让方和受让方并非自愿签订协议，存在欺诈、胁迫等情形。

股东资格受限：转让方的股权存在质押、冻结、查封等限制转让的情况；受让方不符合法律法规和公司章程对股东资格的要求。

股权结构不合理：变更后的股权结构可能导致公司决策困难、控制权失衡等问题。

其他方面

涉及特殊类型股权变更：如果公司的股权变更涉及国有股权或外资股权，需要履行相关的审批程序，并提供相应的审批文件。若未按规定办理，审核可能不通过。

存在潜在纠纷：股权变更存在潜在的纠纷或争议，如股东之间的矛盾、债权债务纠纷等。

税务方面

办理顺序错误：现在股权变更都是先税务后工商，如果税务还没有完成申报，直接申请工商变更，驳回率是 100%。

转让价格与实际价值不符：部分股东为了省税，直接 0 元或 1 元转让，但企业在经营过程中已经产生了资产或盈利，股权转让价格和股权实际价值不符，会被税务专管员驳回。

股权转让前未处理未分配利润：企业账上有未分配利润，老股东需先把这部分利润分配掉，并缴纳 20% 个税，才能进行转让，否则股权变更会被驳回，还需补税。

未申报印花税：除了个人所得税，还需申报转让方和受让方的印花税，没有印花税申报记录，审核会被驳回。

材料方面

材料不齐全：如未提供法定代表人签署的《公司变更登记申请书》、股东双方签署的股权转让协议等必要材料，或缺少股东会决议、公司章程修正案等。

材料不规范或存在错误：申请表格填写不规范，如字迹潦草、信息填写不全或不准确；提交的复印件模糊不清、无法辨认；材料中的签字、盖章不符合要求等。

材料真实性存疑：提供虚假的身份证明、股权交易合同、财务报表等材料，一旦被发现，股权变更申请将无法通过审核。