‌提交不完整的代码确实会导致计算机软件著作权申请被退回‌。根据《计算机软件保护条例》及其实施细则，申请软件著作权需要提交一系列的文件，包括但不限于软件著作权登记表、软件源代码、软件说明书等。如果申请材料不齐全，或者格式、内容不符合规定，都可能导致申请被驳回‌。