网站备案被退回的原因主要有以下几类：

主体信息方面

主体冲突：网站主办者已经有过备案记录，即同一主体信息已用于其他网站备案，再次提交会被退回。

证件问题：

证件无效或不符：提交的身份证、营业执照等证件无效，如使用过期证件，或证件信息与实际主体信息不符。

信息不一致：主体负责人有效证件信息和系统中登记的主体负责人信息不一致，或主体负责人和网站负责人信息不符合备案要求。

域名相关方面

域名实名认证不符：申请备案时填报的备案主体信息与域名注册人实名认证信息不相符。个人名义备案时，域名所有者应为个人姓名；企业名义备案时，应为公司全称或者法人姓名。

材料提交方面

资料不全：未按要求提交完整的备案材料，如缺少域名证书、负责人照片、真实性核验单等。

资料不符：提交的资料与核验单信息不符，或要求提交原件却提供了复印件。

网站内容及性质方面

涉及前置审批项目：网站内容涉及医疗、教育、新闻、出版等需要前置审批的经营项目，未取得相关前置审批文件就提交备案。

网站性质不符：个人备案的网站存在商业性质内容，不符合个人备案要求。

联系方式方面

信息不实：填报的联系电话、地址等联系方式不准确、不详细或无法联系，导致审核人员无法核实信息。

号码超限：一个电话号码提交备案信息的次数超过规定上限，一般为三次。

域名验证未通过：

后缀不达标：网站备案域名后缀不是通过国家批复的dingji域名。

注册商问题：域名注册商不是通过国家批复的域名注册服务机构。

有效期问题：网站备案域名不在域名注册有效期内。

域名冲突：所提交域名已经有过备案记录，不能重复备案。

域名被拉黑：域名因经常使用快速备案等违规操作，被拉入垃圾网站名单，无法获得备案号。