在申请计算机软件著作权时要求有使用手册，主要有以下几方面原因：

帮助审查人员理解软件

功能与特性呈现：使用手册以文字、图片、图表等形式详细描述软件的功能、操作流程、界面布局、参数设置等内容 ，能让审查人员快速、全面地了解软件的具体情况，知晓软件具备哪些功能以及这些功能是如何实现和操作的，从而更好地判断软件的完整性和实用性。

技术特点阐释：除了功能，使用手册还可对软件的技术特点、算法原理、数据处理方式等进行说明，有助于审查人员评估软件的技术含量和创新点，确定其是否符合著作权保护的要求。

证明软件的可运行性和可用性

运行环境与条件说明：使用手册中会提及软件的运行环境，包括硬件要求、操作系统版本、软件依赖等信息，这能证明软件是可以在一定条件下正常运行的，而不是一个无法运行的理论性产物。

操作流程展示：通过详细的操作步骤和示例，使用手册展示了软件的可用性，即用户可以按照手册的指引顺利地使用软件完成各项任务，实现预期的功能，这是软件具有实际价值的重要体现。

明确软件的权利范围和保护内容

功能边界界定：使用手册对软件功能的详细描述，实际上也界定了软件著作权所保护的范围。他人未经许可不得实施与手册中所描述的功能相同或相似的行为，否则就可能构成侵权，为软件著作权的维权提供了明确的依据。

版本差异记录：当软件有多个版本时，使用手册可以记录每个版本的功能变化、改进之处等，便于区分不同版本的权利范围，也有助于审查人员了解软件的发展历程和演进情况。