进出口贸易经营备案的主要流程可以概括为以下三个关键步骤：

首先需要在商务部门进行对外贸易经营者备案，填写《对外贸易经营者备案登记表》，提交营业执照、组织机构代码证等相关文件。这个过程现在多支持在线操作，完成后会获得备案表。

接着在海关系统（如“互联网+海关”平台）进行备案，填写公司信息并提交，审核通过后可下载备案表，无需海关实体盖章。

需要在国家外汇管理局的数字外管平台进行登记，确保公司可以在外汇管理局的名录中，以便进行外汇收支。提交公司信息，营业执照等，通过预审后完成相关手续。

这些步骤确保企业获得了进出口的基本权限，并能够进行后续的贸易活动，如办理电子口岸卡和出口退税等。