企业在申请计算机软件著作权使用手册时，应当遵循以下步骤和要求来填写内容：

软件名称栏 ：

全称 ：填写软件的全称，确保准确且与后续文件保持一致。

简称 （如有）：提供软件的简称，方便引用。

分类号 ：根据国家标准GB/T13702和GB/4754中的代码确定软件的分类编号。

版本号 ：填写软件当前的版本号，格式为“V+版本号”。

日期栏 ：

开发完成日期 ：填写软件开发者将软件固定在某种物质载体上的日期。

首次发表日期 （如未发表则不填）：填写软件首次公之于众的日期。

软件开发情况栏 ：

开发方式 ：选择“独立开发”或“合作开发”，并提供相应的证明文件。

独立开发 ：公司单独开发的软件，需提供开发过程的证明。

合作开发 ：多个合作方共同开发的软件，需提供合作开发协议。

鉴别材料 ：

软件程序 ：提供软件源代码，通常为前30页和后30页，每页不少于50行，不足60页则提交全部。

软件文档 ：提供详细的操作手册或设计说明，包含登录界面、操作步骤截图、软件结构图、功能流程图、逻辑框架图等。

申请人身份证明文件 ：

提供法人有效身份证明文件，并加盖公章（鲜章），如营业执照副本复印件等。