‌申请部门 ：

公司应当向中国版权保护中心提交软件著作权登记申请。具体流程和所需材料可以参考中国版权保护中心的相关要求和指南。

公司申请计算机软件著作权的主要作用包括保护原创、增加无形资产价值、提升企业信誉、享受税收优惠等‌。具体来说：

‌保护原创‌：软件著作权可以明确软件的权属关系，防止他人未经授权抄袭、复制或盗用代码，有效保护软件开发者的劳动成果和知识产权‌。

‌增加无形资产价值‌：计算机软件著作权是企业的无形资产，可以用于增资、融资抵押、技术入股等，增加企业的无形资产价值‌。

‌提升企业信誉‌：拥有多个软件著作权可以展示企业在技术创新和知识产权保护方面的实力，提升企业的发展价值和商业信誉‌。

‌享受税收优惠‌：申请软件著作权可以使企业享受一些税收优惠政策，降低运营成本，提高竞争力‌。