如果公司在北京申请预包装食品备案未通过，可按以下步骤进行修改并重新提交：

明确未通过原因

仔细查看驳回通知：通常，备案部门会在驳回通知中说明申请未通过的具体原因，如申请材料不齐全、信息填写错误、产品不符合标准等。

主动咨询备案部门：如果驳回通知中的原因不明确，可直接联系当地的市场监督管理部门或相关备案机构，向工作人员了解具体问题所在，获取更详细的指导和建议。

针对性修改

标签标识不规范：根据《食品安全法》《食品标识管理规定》等相关法规要求，修改预包装食品标签。比如，补充缺失的必要信息，修正不准确或模糊的表述，确保标签内容清晰、易懂、准确。

产品不符合标准：若产品的成分、添加剂使用、生产工艺等不符合国家及北京市的相关法律法规、标准规范，需对产品进行调整。例如，整改生产工艺以满足卫生标准，更换不符合规定的添加剂等。

材料缺失：按照要求补充完整所需材料。例如，若缺少食品安全管理制度文本，应制定包含原料采购、生产加工、储存运输、销售等各环节食品安全管控措施的制度文件；若未提供食品预包装标签样本，需准备清晰、准确，包含产品名称、规格、净含量、生产日期、保质期、成分或配料表、生产者名称、地址、联系方式、食品生产许可证编号等信息的标签样本。

材料不符合格式要求：按照规定的格式进行调整，如将文件格式统一为 PDF 或指定格式，确保材料的字体、排版等符合规范。

材料内容有误：对错误信息进行更正。比如，营业执照副本信息有误，需核实并修改为正确信息；食品安全管理人员培训合格证明过期或编号错误，应重新提供有效的证明材料。

申请材料问题

产品相关问题

其他问题：如经营场所不符合要求，需按照相关规定进行整改，如改善卫生条件、合理规划布局、配备必要的设施设备等。

重新提交申请

整理修改后的材料：将所有修改后的材料进行整理，确保材料齐全、准确、清晰，并按照要求的顺序排列。

登录备案系统：访问北京市市场监督管理局网上政务服务平台，使用企业的账号和密码登录预包装食品备案系统。

填写申请信息：根据系统提示，重新填写备案申请表格，确保所填信息与修改后的材料一致。

上传材料：按照系统要求，将修改后的申请材料逐一上传，注意文件大小和格式的限制。

提交申请：确认所有信息和材料都准确无误后，点击 “提交” 按钮，再次提交预包装食品备案申请。

跟踪审核进度

关注系统反馈：提交申请后，定期登录备案系统，查看申请的审核状态和反馈信息。如审核过程中需要补充其他材料或进行进一步说明，应及时按照要求处理。

保持联系方式畅通：确保在备案申请中留下的联系电话、电子邮箱等联系方式畅通，以便备案部门在需要时能够及时与企业取得联系。