要保证计算机软件著作权使用手册的内容与软件实际功能一致，可以遵循以下步骤：

测试和验证 ：

在编写手册的过程中，应多次测试软件的实际功能，确保手册内容与软件实际表现一致。

可以邀请用户或测试团队对手册进行审阅，收集反馈并进行相应的修改和完善。

及时更新 ：

软件更新后，应及时对手册进行更新，确保手册内容始终与软件最新版本保持一致。

在软件发生重大变更时，可能需要重新编写或大幅修改手册，以反映最新的功能变化。

遵循相关法律法规 ：

在编写手册时，应遵守相关的法律法规，确保内容的合法性和合规性。

如果软件涉及特定行业的标准和规定，手册内容也应符合这些要求。

详细规划手册内容 ：

在编写手册之前，首先要对软件的功能和操作进行详细的规划，确保所有功能点都有详尽的描述。

制定一个详细的内容大纲，确保手册的结构清晰，便于读者查找和理解。

图文并茂 ：

使用截图、流程图、示意图等多种方式辅助文字描述，使读者更容易理解软件的操作流程和功能。

图片和图表应当清晰、准确，能够直观地展示软件的操作方法和界面布局。

准确描述功能模块 ：

对软件中的每个功能模块进行详细的文字描述，包括功能名称、作用、操作步骤和注意事项。

避免使用模糊不清的表述，确保用户能够准确理解每个功能的具体用途和操作方法。

保持一致性 ：

手册中的文件名、术语、缩略词等应与软件申请书中的全称及简称一致，避免出现其他软件名称。

版权信息、软件名称等应与申请信息完全一致，确保信息的准确性和一致性。

通过以上步骤，可以最大程度地保证计算机软件著作权使用手册的内容与软件实际功能一致，从而帮助用户更好地理解和使用软件。