在北京朝阳区申请预包装食品备案存在以下限制条件：

人员要求方面：

健康证明：直接接触食品的从业人员需持有有效的健康证明，确保其身体健康，无传染性疾病等可能影响食品安全的疾病。

食品安全管理人员：企业必须配备专职或者兼职的食品安全管理人员，并具备相应的食品安全管理人员培训合格证明，以具备足够的食品安全管理能力。

产品要求方面：

产品合规性：所销售的预包装食品必须符合国家相关法律法规以及国家标准、行业标准和地方标准的要求，不得含有国家明令禁止的物质，具备相应的质量标准和检验合格证明。

标签规范：预包装食品的标签标识应清晰、准确，包含产品名称、规格、净含量、生产日期、保质期、成分或者配料表、生产者的名称、地址、联系方式、食品生产许可证编号等信息，符合《食品安全法》《食品标识管理规定》等相关法规要求。

主体资格方面：

合法经营资格：申请人必须是具有合法经营资格的企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，需持有有效的营业执照。营业执照的经营范围应涵盖预包装食品销售相关内容，如 “食品经营（仅销售预包装食品）”。

良好信誉与管理能力：申请人需具备良好的商业信誉和经营管理能力，以确保能够承担起食品安全责任，无严重违法违规记录和不良信用记录。

经营场所与设施方面：

面积与布局要求：预包装食品经营店的场地面积不得少于 20 平方米，且仓储、加工区与门店应分开设置。需设有消毒间和洗手间等卫生设施，各功能区域布局合理，防止交叉污染。

环境卫生条件：店内环境应干净卫生，窗户和门能正常关闭，通风良好，无异味、无虫害、无污染源，保持经营场所的整洁和卫生。

设备设施配备：应具有与经营的食品品种、数量相适应的经营设备或者设施，如货架、货柜、冷藏冷冻设备、消毒设备、防尘、防蝇、防鼠、防虫等设施，以保证食品的储存和销售条件符合要求。