企业在北京通州区进行股权变更时，除了个人所得税，还可能需要缴纳以下税费：

企业所得税：如果转让方是公司而非个人，股权转让所得需要计入公司的应纳税所得额，按照企业所得税法的规定缴纳企业所得税。企业所得税的基本税率为 25%，但对于符合条件的小型微利企业，可能享受较低的税率或税收优惠。计税依据为股权转让所得，即转让收入减去股权原值和合理费用后的余额。

土地增值税（如适用）：在某些情况下，如果股权转让涉及到土地使用权的转移，并且该土地使用权符合土地增值税的征税条件，则可能需要缴纳土地增值税。土地增值税的税率和计税依据根据具体情况而定，通常涉及增值额的计算和不同税率的适用。

印花税：股权转让过程中，双方签订的股权转让协议属于书面合同，需按《中华人民共和国印花税暂行条例》规定缴纳印花税。税率为产权转移书据适用的万分之五，计税依据为股权转让协议上所载的金额。如果协议中未明确载明金额，则按照实际结算的金额计税。