北京东城区出版物许可证年检未通过的公司受到处罚后，可按以下步骤恢复经营：

软件及人员方面

管理制度：完善出版物进销存管理制度、安全管理制度等，制定规范的操作流程和记录表格，并严格执行。

人员资质：如相关人员缺乏必要的资格证书，应安排其参加培训和考试，取得合格证书后提交复印件等证明材料。

提交整改报告与复查申请

撰写报告：根据整改情况，撰写详细的整改报告，包括对未通过问题的认识、采取的具体整改措施、整改后的效果等内容，附上相关证明材料，如整改前后的照片、检测报告、制度文件等。

提交申请：将整改报告和复查申请一并提交给东城区新闻出版行政部门，申请对整改情况进行复查。

配合复查与后续处理

配合检查：在新闻出版行政部门进行复查时，积极配合工作人员的检查工作，如实提供相关材料和信息，展示整改成果。

根据结果处理：如果复查通过，按照相关要求办理后续手续，如缴纳罚款（如有）等，即可恢复正常经营；如复查仍未通过，要继续按照要求进行整改，再次申请复查，直至通过为止。

明确未通过原因与处罚内容

查阅通知：仔细查阅年检未通过的通知以及处罚决定书，明确指出具体是哪些方面不符合要求，比如经营场所、消防设施、管理制度、人员资质等方面的问题，同时了解所受到的处罚类型和具体内容，如罚款、停业整顿等。

咨询沟通：主动联系东城区新闻出版行政部门，向相关工作人员进一步咨询未通过的细节和整改方向，获取准确的指导信息。

落实整改措施

硬件方面

经营场所：若经营场所存在面积不足、环境不佳等问题，需按要求进行调整或更换，重新提交有效的经营场所证明材料。

消防设施：对于消防设施配备不全或失效的情况，应立即购置、更新消防设备，并请专业机构进行检测，提供合格的检测报告。