企业在北京通州区进行股权变更需要缴纳印花税。

根据《中华人民共和国印花税暂行条例》规定，产权转移书据包括股权转让合同，股权转让协议属于应纳税凭证，适用税率为转让金额的万分之五。通常由立据双方当事人分别缴纳，即转让方和受让方都需缴纳。

股权交付环节的防范

严格履行程序

对于内部决策程序，出让方应按照公司章程的规定，就股权变更事项召开股东会或董事会，并形成合法有效的决议。受让方应要求出让方提供相应的决议文件，以确保股权变更符合公司内部规定。

及时办理工商变更登记。双方应在股权变更协议中明确办理工商变更登记的时间和责任主体。一般情况下，出让方和受让方应共同配合，在股权变更生效后的合理时间内办理工商登记手续。为防止出让方拖延，可在协议中约定逾期办理的违约责任。