申请时提交材料的方式如下：

网上申报：登录北京市市场监督管理局guanfangwangzhan，进入食品经营许可备案系统，按要求填写《预包装食品备案申请表》，并上传相关材料。

提交纸质材料：将纸质申请材料提交至东城区市场监督管理局指定的办事窗口或地址，材料应包括上述所有要求的内容，并确保材料的真实性和完整性。

申请北京东城区预包装食品备案需要准备的材料如下：

基础材料：营业执照副本原件及复印件；法定代表人身份证原件及复印件；若委托他人办理，还需提供委托书及被委托人的身份证原件及复印件。

场地证明材料：经营场所的租赁合同或产权证明；经营场所平面图，包括主要设备设施、布局、主要尺寸、面积等。

食品安全管理制度：提供食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品安全事故处置等保证食品安全的规章制度。

其他材料：食品安全管理人员的培训合格证明复印件；填写完整的预包装食品备案表；预包装食品的产品清单，包括产品名称、规格、生产日期、保质期、生产厂家等信息；产品的合格证明或检验报告。