公司在北京通州进行股权变更，需准备以下材料：

公司章程材料

修改后的公司章程或者公司章程修正案：根据股权变更的情况，对公司章程中有关股东姓名或名称、出资方式、出资时间、出资额等内容进行修改，由公司法定代表人签字并加盖公司公章。

其他可能需要的材料

购股款支付凭证：如银行转账凭证、现金收据等，证明股权转让款项已支付。

法律、行政法规和国务院决定规定变更股东必须报经批准的：提交有关的批准文件或者许可证件复印件。

基础通用材料

《公司登记（备案）申请书》：填写公司基本信息、股权变更相关事项等，由法定代表人签字并加盖公司公章。

《指定代表或者共同委托代理人授权委托书》：明确委托代理人的信息和授权范围，指定代表或委托代理人需提供身份证件复印件，该委托书由法定代表人签字并加盖公司公章。

公司营业执照正副本原件：登记机关会在完成变更登记后换发新的营业执照。

公司公章：用于在申请材料和相关文件上盖章。

股权转让相关材料

股东会决议：有限责任公司提交由代表三分之二以上表决权的股东签署的股东会决议；股份有限公司提交由会议主持人及出席会议的董事签署的股东大会会议记录；一人有限责任公司提交股东签署的书面决定；国有独资公司提交国务院、地方人民政府或者其授权的本级人民政府国有资产监督管理机构的批准文件。

股权转让协议：由转让方和受让方签署，明确转让的标的、价格、支付方式、违约责任等条款。

新股东会决议：对新股东的加入、股权结构的变化、公司章程的修改等事项进行确认和决议，由新股东签署。

新老股东的身份证明：如为自然人，提供身份证复印件；如为企业，提供企业营业执照副本复印件、法定代表人身份证明等。