北京市通州区预包装食品备案信息修改后若未通过审核，可以采取以下措施：

确保经营场所合规：如果是经营场所方面的问题，如场所性质不符、面积不足、环境不达标等，要进行相应整改。确保经营场所为商用性质，面积符合规定，具备完善的安全、消防等设施。

咨询相关部门：可拨打北京市通州区市场监督管理局的咨询电话或到政务服务大厅的窗口，向工作人员详细了解不通过的原因及整改要求，获取专业的指导和建议。也可以咨询有经验的工商注册代理公司、食品行业协会等专业机构。

留意政策法规变化：关注近期预包装食品备案相关的政策法规、标准规范等是否有变动，按照新的要求对备案信息和材料进行调整。

重新提交申请：在完成所有问题的整改和材料的补充、修改后，再次登录 “北京市市场监督管理局网上政务服务平台”，通过 “食品经营（仅销售预包装食品）备案信息修改” 入口，重新提交备案信息，并确保提交的材料和信息真实、准确、完整。

查看审核不通过原因：登录 “北京市市场监督管理局网上政务服务平台”，在相关业务模块中查看具体的审核意见和不通过原因。通常不通过原因可能包括资料不齐全或不符合要求、生产经营场所不符合规定、系统故障或网络问题、政策法规变动、申请人存在违法记录、销售的预包装食品存在安全隐患等。

核对并补充修改材料

材料缺失遗漏：按照审核意见，对照备案要求，梳理需要补充的材料。如缺少营业执照副本、食品安全管理人员培训合格证明等，及时准备并上传。

信息不准确：若备案信息填写有误，如企业基本信息、产品信息等，要进行更正。确保企业名称、法定代表人信息等与营业执照一致，产品信息与实际销售产品相符。

材料格式问题：检查提交材料的格式是否符合要求，如扫描件是否清晰、完整，文档格式是否正确等，不符合的要重新处理后上传。