北京朝阳区企业进行股权变更缴纳印花税的计税依据如下：

一般情况：以股权转让协议中明确的转让价格作为计税依据。如果股权转让协议中清晰地约定了转让价款，那么该金额就是计算印花税的基础，按照所载金额的万分之五缴纳印花税。

价格不明确情况：若股权转让价格不明确，如以股权的账面价值等作为转让价格，通常以税务机关核定的价格作为计税依据。税务机关会根据企业的财务状况、资产价值、市场行情等多种因素来核定一个合理的价格，以此作为计算印花税的依据，税率同样为万分之五。