海关对申请进出门贸易经营备案的公司有一系列特殊要求，主要包括以下几点：

取得有效营业执照 ：

企业首先需要在工商部门取得有效的营业执照，并且其经营范围中必须包含进出口业务。

具备进出口经营资格 ：

企业需要具备进出口经营资格，这通常需要提交公司基本资料（如公司章程、营业执照、税务登记证等）以及外贸人员资料（如公司外贸业务负责人的身份证明和聘用合同等）。

市场主体资格 ：

进出口货物收发货人和报关企业在申请备案前，应当取得市场主体资格3。对于进出口货物收发货人，还需要取得对外贸易经营者资格。

注册地址与办公场所 ：

注册地址必须是商用性质的办公地址，不能是民用住宅5。如果申办出口退税等优惠政策，实际办公地址面积通常不能小于100平方米。

注册资本 ：

虽然注册资金的要求可能因地区和行业而异，但一般来说，企业需要具备一定的注册资本以支持其进出口业务。

特殊商品资质 ：

对于某些特殊商品，如危险品、管制商品等，企业可能还需要申请相关的行业资质或经营许可证2。这些资质的具体要求可能因商品种类和行业不同而有所差异，因此企业需要提前了解并满足相关要求2。

综上所述，申请进出门贸易经营备案的公司需要满足一系列条件，包括取得有效营业执照、具备进出口经营资格、具备市场主体资格和办公场所要求，以及可能需要的相关行业资质。建议企业在申请前仔细了解并准备好所有必要的文件和资质。