从零开始申请计算机软件著作权许可证，公司需要提前准备好的材料包括：

营业执照副本 （盖公章）；

软件操作说明书 （需要图文结合）；

源代码 ：前后各30页，每页不低于50行；

代理委托书 （如果委托代理公司申请）；

计算机软件著作权登记申请表 ；

设计说明书或操作说明文档 （一般10页以上）；

代理人身份证明 和 授权委托书 （如果委托代理人申请）。

建议公司确保所有材料的真实性和完整性，并按照版权保护中心的要求进行格式化和提交。此外，提前了解并遵守相关的法律法规，以确保申请的顺利进行和成功获取著作权许可证。