在北京通州区进行股权变更时，公司章程修正案的修改范围主要有以下限制：

不损害股东利益：一方面，要遵循大多数原则，章程修改作出决议一般需经多数表决权通过。另一方面，要遵循少数股东保护原则，当股东对股东会作出修改公司章程的决议投反对票时，该股东可以请求公司收购其股份。

不得损害债权人利益：公司债权人的合法权益受保护，不得因章程修改而损害债权人利益。

公司性质与法人一致性限制

保持公司法人一致性：不得因公司章程的变更，使一个公司法人转变为另一个公司法人，要确保公司在主体资格、权利义务等方面的延续性和稳定性。

符合公司性质要求：如果公司是有限责任公司，章程修正案的修改不能突破有限责任公司的基本性质和法律规定，如不能随意改变股东承担有限责任的规定等；若是股份有限公司，也需遵循相应的性质和规定。

法律规定限制

不得违反法律法规强制规定：《中华人民共和国公司法》等相关法律法规对公司章程的内容有明确规定，修改内容不得与之相悖。例如，关于股东权利义务、股权转让的规定等，必须符合法律要求。

遵循特定事项表决规定：有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过。

保护股东和债权人权益限制