在北京昌平区未按照要求提交预包装食品备案申请材料，会有以下后果：

企业信誉损害

信用记录受损：这种违规行为会被记录在企业的信用档案中，导致企业信用评级下降。

品牌形象受损：消费者若得知企业存在未按要求备案等违规行为，会对企业品牌形象和信誉产生质疑，降低信任度，进而影响市场竞争力和销售业绩。

法律风险

面临诉讼风险：若消费者因购买了未按要求备案企业销售的预包装食品而出现食品安全问题，可能会对企业提起诉讼，要求企业承担相应赔偿责任。

潜在刑事风险：若未备案销售的预包装食品存在严重质量问题，如添加有毒有害物质等，触犯刑法，企业相关责任人将面临刑事处罚。

行政监管措施

责令限期改正：由县级以上地方市场监督管理部门责令限期改正，要求企业在规定时间内提交符合要求的备案申请材料。

罚款：如果逾期不改正，会面临处两千元以上一万元以下的罚款。

经营活动影响

经营受限风险：在未完成备案或提交材料不符合要求期间，可能面临经营活动受限的情况。如市场监督管理部门可能会限制企业继续销售相关预包装食品，直至完成备案并通过审核。

经营成本增加：企业需要投入更多的时间和人力来处理备案相关事宜，可能还需要支付因整改而产生的额外费用，如重新准备材料、聘请专业人员等，增加了经营成本。