‌公司因未按时进行广播电视节目制作许可证的年报，被列入了不良信息名单，可以采取以下步骤进行处理‌：

‌补报年报‌：首先，公司需要登录国家企业信用信息公示系统，补报所有未报年份的年度报告，并确保所填写信息的真实性和准确性。这是解决被列入不良信息名单的主要原因‌。

‌申请移出不良信息名单‌：在补报年报后，公司应向工商行政管理部门申请移出不良信息名单。具体流程包括下载并填写《移出经营异常名录申请表》，法定代表人签字并加盖企业印章，携带相关材料如营业执照副本复印件、委托授权书等，前往工商行政管理部门提交申请。工商行政管理部门在收到申请后，会进行核实，并在规定的时限内作出是否移出不良信息名单的决定‌。

‌加强信用信息管理‌：在被列入不良信息名单期间，公司应加强对自身信用信息的管理和公示，以避免因信息不透明而引发的信用风险。这包括定期更新和公示相关信息，确保信息的真实性和准确性‌。