北京海淀区企业在申请中关村高新技术企业时可能会遇到以下问题：

企业成立时间 ：成立时间较短的企业可能成长性得分低，通过认定的概率较低。建议企业成立两年及以上再申报。

自主知识产权数量和质量 ：知识产权数量不足或质量不高不足以获得评审专家认可。建议企业提前规划知识产权，并尽快取得与企业主要产品技术相关的知识产权。

研发费用归集困难和占比不足 ：企业可能因未做好规划而导致申报进程拖延。研发费用可以包括研发人员工资、社保、材料费、知识产权申请费等，需要按照相关指引归集。

组织管理制度不完善 ：缺乏完善的研发组织和管理制度可能导致申报材料不完备。企业需要完善各项管理制度以满足高企申报要求。

成果转化难以体现 ：企业可能因准备材料繁琐且缺乏针对性而难以体现成果转化。

数据前后不一致 ：企业提供的数据可能存在不一致性，影响申报结果。

理解新政策不足 ：企业可能未关注新的高新认定标准，仍然按照旧思路准备资料，导致资料不完备。

不重视认定 ：部分企业可能因培训机构的讲解而认为资料准备简单，没有系统安排重新认定的准备工作。

企业内部工作协调不足 ：涉及财务、技术、人力等多个部门的配合不协调可能导致资料准备不一致，拖延申报过程。