在北京海淀区进行股权变更时，保护公司利益的方法如下：

股东权益的保护 ：

在股权变更过程中，应当充分保护原有股东的权益，包括确保股东知情权、决策权的行使，以及在股权转让价格上体现公平原则，防止利益输送。

信息透明度 ：

股权变更相关信息应及时、准确地向股东和监管机构披露，保持信息的高度透明，避免因信息不对称导致的误解和纠纷。

税务影响评估 ：

股权变更可能会产生一定的税务影响，如印花税、个人所得税等。在变更前，应进行税务评估，合理规划税务负担，避免因税务问题影响公司财务健康。

对公司治理结构的影响 ：

股权变更可能会改变公司的控制权和治理结构，因此，需要评估变更对公司治理的影响，确保公司治理结构的稳定性。

潜在风险的识别 ：

在股权变更前，应对潜在的法律风险、商业风险进行识别和评估，包括但不限于合同纠纷、知识产权问题、竞业禁止等。

及时有效地督促公司履行变更的义务 ：

股权转让方的主要义务是向受让方转移股权，受让方的主要义务是向转让方支付转让款。

受让方应在股权转让后，采取发律师函等方式督促公司履行对股东名册、工商登记等进行变更，以保护自己的合法权益。

股权转让方如实告之义务及承担的责任写入合同 ：

受让人在受让股权时，应对公司的负债、对外担保、行政罚款以及涉诉情况有一定了解，从而对股权的价值有一个准确的判断。

要求转让方在协议中对其所提供的有关目标公司的信息真实性以及公司资产的真实状况作出具体详尽的陈述与保证。

变更程序的合法性 ：

股权变更必须严格遵循相关法律法规和公司章程的规定，涉及到的法律文件包括但不限于股权转让协议、股东会决议、董事会决议等，确保程序合法有效。