北京海淀公司股权变更协议中关于股东变更登记的约定，除了常规条款外，还需注意以下方面：

变更登记受阻的处理

受阻情况约定：对可能导致变更登记受阻的情况进行约定，如工商部门要求补充或修改材料、第三方对股权变更提出异议等。

处理方式约定：明确在变更登记受阻时双方应采取的措施，如共同协商解决方案、配合提供补充材料等。若因一方过错导致变更登记受阻，应承担相应的赔偿责任。

与税务申报的衔接

税务申报条款：在股权变更协议中明确约定双方在税务申报方面的义务，包括申报时间、申报内容等，确保税务申报与股东变更登记的衔接顺畅。

完税证明约定：约定转让方或受让方应在办理股东变更登记前，向对方提供税务机关出具的完税证明或相关免税、不征税证明。

对登记事项的详细描述

股东信息条款：在股权变更协议中详细填写新老股东的姓名、名称、身份证号码、联系方式等信息，确保与提交给工商行政管理部门的登记材料一致。

股权比例和出资额条款：准确描述股权转让后的股权比例和出资额变化情况，避免出现模糊不清或与实际情况不符的表述。

变更事项列举条款：除了股东信息和股权比例、出资额的变更外，还应明确是否涉及其他登记事项的变更，如公司章程的修改、法定代表人的变更等。

明确登记申请主体及协助义务

申请主体约定：在协议中明确约定由转让方还是受让方负责向工商行政管理部门提交股东变更登记申请材料。

协助义务规定：约定双方应积极配合、协助办理变更登记手续，包括及时提供所需文件、资料，确保资料的真实性、完整性和准确性。

约定登记时间及逾期责任

登记时间条款：明确规定在股权转让协议签署后的一定期限内，启动股东变更登记申请程序，并完成登记手续。

逾期责任约定：详细规定如因一方原因导致未能在约定时间内完成变更登记的违约责任，如支付违约金、赔偿对方因此遭受的损失等。

关于登记费用的承担

费用分担条款：在股权变更协议中明确约定办理股东变更登记所产生的各项费用，如工商登记费、印花税等由哪一方承担，避免后续产生不必要的纠纷。