相关部门为什么要求申请计算机软件著作权的公司必须准备代码和使用手册呢？是为了保护什么？

这些材料有助于相关部门评估软件是否满足著作权保护的要求，防止恶意抄袭和侵权行为的发生。同时，这也有助于保护软件开发者的合法权益，确保他们在法律上获得应有的保护。

相关部门要求申请计算机软件著作权的公司提供代码和使用手册的主要原因是为了 验证软件的独创性和完整性 ，确保申请材料的真实性和合法性。根据《计算机软件保护条例》的规定，申请软件著作权时需要提交的材料包括：

源代码 ：这是软件的核心部分，能够展示软件的独创性和技术实现细节。

使用手册 ：详细描述软件的功能、操作方法和用户界面，帮助用户更好地理解和使用软件。