以下管理制度可以增加 EDI 许可证年检审核通过率：

用户信息保护制度

收集与使用规范：明确用户信息收集的范围、目的和方式，确保收集行为合法合规，在使用用户信息时，必须遵循最小化原则，仅用于与业务相关的目的，不得超出授权范围使用用户信息。

信息存储与保护：对用户信息进行分类存储，采取加密、备份等措施确保信息的安全性和完整性，限制对用户信息存储区域的访问权限，只有经过授权的人员才能进行访问和操作。

隐私政策与告知：制定清晰明确的隐私政策，向用户充分告知信息收集、使用、共享等情况，获得用户的明确同意，在隐私政策发生变更时，及时通知用户并重新获得同意。

业务合规管理制度

法律法规遵循制度：建立跟踪和学习相关法律法规、政策文件的机制，确保企业的业务运营始终符合最新的要求，定期对业务活动进行内部合规审查，发现问题及时整改。

业务流程规范制度：对涉及 EDI 业务的各个流程，如交易流程、数据处理流程、客户服务流程等进行详细规范，明确各环节的操作要求和责任人员，确保业务流程的顺畅和合规。

合作方管理制度：对与 EDI 业务相关的合作方，如供应商、技术服务提供商等进行严格管理，在合作协议中明确双方的权利义务和合规要求，定期对合作方进行评估和监督，确保合作方的行为符合企业的合规标准。

安全管理制度

数据安全管理制度：包括数据备份，定期对数据进行备份，确保在数据丢失或损坏时能够恢复；加密传输，采用加密技术对传输数据进行加密，防止数据在传输过程中被窃取或篡改；访问控制，设置访问权限，确保只有授权的用户才能访问敏感数据，防止未经授权的访问。

网络安全管理制度：明确网络安全管理的责任部门和人员，制定网络安全策略和操作规程，对网络设备、服务器、防火墙等进行定期维护和检查，确保网络系统的安全稳定运行，及时处理网络安全事件，记录和报告安全事件的发生和处理情况。

应用安全管理制度：负责应用软件的安全性和稳定性，防止恶意攻击和数据泄露，对应用系统进行安全评估和漏洞扫描，及时修复发现的安全漏洞，加强对应用系统的用户认证、授权和访问控制，确保用户操作的合法性和安全性。