北京丰台区预包装食品备案申请的审核部门是北京市丰台区市场监督管理局569。

北京市丰台区市场监督管理局负责对丰台区内预包装食品备案申请进行全面审核，其审核工作主要包括以下方面：

材料审核：对申请人提交的营业执照复印件、备案申请书、食品销售合同复印件等材料进行审查，核查材料是否齐全、真实、有效，是否符合相关法规要求。如材料不齐全或不符合要求，会及时通知申请人补充或修改材料。

现场核查：在材料审核通过后，市场监督管理部门可能会进行现场核查，核查内容包括经营场所是否符合食品安全要求，如场所的卫生条件、布局是否合理等；设施设备是否满足经营预包装食品的需要，如是否有适当的储存设备、陈列设备等；以及企业的食品安全管理制度是否健全，是否有相应的人员负责食品安全管理等。

综合评定：综合材料审核和现场核查的结果，判断申请人是否符合预包装食品备案的条件。如果符合条件，将予以备案，并颁发相关证明；如果不符合条件，则不予备案，并向申请人说明理由。