北京昌平区公司股权变更协议中关于股东变更登记的约定，常见纠纷如下：

登记手续办理相关纠纷

协助义务争议：转让方或公司未按协议约定履行协助办理股东变更登记的义务，如不提供必要文件、不配合签字等。例如转让方故意拖延提供身份证明文件，导致变更登记无法按时进行。

办理期限不明：股权变更协议中未明确约定办理股东变更登记的期限，双方就何时办理变更登记产生分歧。受让方可能希望尽快完成登记以取得股东身份，行使股东权利，而转让方或公司可能因各种原因迟迟不办理。

登记材料真实性纠纷

冒用身份信息：冒用他人身份进行股东变更登记，被冒用人发现后要求撤销登记。比如案例中徐某被某汽车服务公司冒用身份证及签名，被登记为公司的法定代表人、股东。

伪造签名或材料：伪造股权转让协议、股东会决议等登记材料上的签名或内容，导致登记行为存在瑕疵。如案例中某教育服务机构变更登记时，邢某和樊某称股权转让协议等材料为虚假。

股东资格确认纠纷

登记与实际不符：完成股东变更登记后，出现实际股东与登记股东不一致的情况。可能是由于代持协议等原因，实际出资人希望确认自己的股东资格，或者登记股东不承认实际出资人的权益。

优先购买权争议：在股东对外转让股权时，未通知其他股东行使优先购买权，或者侵犯了其他股东的优先购买权，导致其他股东对变更登记提出异议。例如王某在未通知史某的情况下，私自将股权转让给案外人赵某。

变更登记后纠纷

后续事项未约定：股权变更登记完成后，对于公司的一些后续事项，如债权债务承担、员工安置等未在协议中明确约定，引发纠纷。比如公司在变更登记前存在未清偿债务，债权人要求变更后的股东承担责任，新老股东就债务承担问题产生争议。

信息变更与交接问题：股东变更登记完成后，公司的相关信息如税务登记、银行账户信息等未及时变更，或者公司印章、证照等交接出现问题，影响公司正常经营，进而引发股东之间的纠纷。