对于没有申请进出口贸易经营备案的公司，根据相关法规，可能会面临以下惩罚：

处罚 ：

商务主管部门可能会要求限期备案，并处以1万元以上5万元以下的罚款。

如果逾期仍未备案，可能会面临5万元以上10万元以下的罚款，并予以公告。

海关手续 ：

对外贸易经营者若未按照规定办理备案登记，海关将不予办理进出口货物的报关验放手续。

其他法律后果 ：

根据《食品安全法》，出口食品的境外出口商或代理商、进口食品的进口商必须向国家出入境检验检疫部门备案。

未备案的出口食品生产企业可能会受到没收食品、食品添加剂及相关物品的处罚。

请注意，这些信息基于发布时间截至2024年1月23日的法规，具体规定可能会有所变动。建议咨询最新的官方发布信息或专业法律顾问以获得最准确的指导