股权变更后，一般由公司向新股东签发出资证明书，同时注销原股东的出资证明书。公司章程和股东名册也应当作相应修改。此外，公司应当自变更之日起30日内申请变更登记。这是股权变更后应该怎么处理的一般流程。

法律依据：《中华人民共和国公司法》第七十三条依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。《中华人民共和国公司登记管理条例》第三十四条有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。有限责任公司的自然人股东死亡后，其合法继承人继承股东资格的，公司应当依照前款规定申请变更登记。有限责任公司的股东或者股份有限公司的发起人改变姓名或者名称的，应当自改变姓名或者名称之日起30日内申请变更登记。