申请计算机软件著作权时，确保鉴别材料真实性和完整性可从以下方面着手：

文档方面

内容全面详细：文档应包括软件的功能描述、设计思路、操作流程、使用说明等方面的内容，要能够清晰地阐述软件的整体架构和各个功能模块的实现方式。例如，软件用户手册需要涵盖软件的安装、启动、各个功能菜单的介绍、操作步骤以及常见问题解答等；设计说明书要包括软件的总体设计、详细设计、数据库设计等内容。

逻辑连贯一致：文档的内容要逻辑连贯，各个部分之间的描述不能相互矛盾。比如，功能描述部分提到的某个功能，在操作流程部分要能够找到相应的操作步骤，并且在设计思路部分要能够解释该功能的设计原理。

与源程序相符：文档中描述的软件功能、流程等内容要与源程序的实际实现情况一致。例如，文档中提到的某个功能模块的算法，在源程序中应该有对应的代码实现，并且代码的逻辑和算法的描述要完全相同。

格式规范统一：文档应采用规范的格式进行编写，包括字体、字号、行距、页码等方面的设置要统一。同时，要注意文档的排版美观，便于审查人员阅读和理解。

源程序方面

按照规定提交：一般情况下，程序和文档的鉴别材料由源程序和任何一种文档前、后各连续 30 页组成。如果整个程序不到 60 页，应当提交整个源程序。除特定情况外，程序每页不少于 50 行。

确保代码真实有效：提交的源程序必须是软件实际运行的代码，不能进行虚假编写或拼凑。要保证代码能够完整实现软件的功能，并且与软件的设计和实际运行情况相符。

保留开发记录：在软件开发过程中，保留完整的开发记录，包括代码的编写时间、修改记录、版本迭代等信息。这些记录可以作为证明源程序真实性的辅助材料，在需要时提供给版权登记机构。

去除无关信息：在提交源程序鉴别材料时，应去除与软件核心功能无关的代码、测试数据、注释等内容，避免干扰审查人员对软件核心功能的理解。同时，要确保鉴别材料中没有著作权人以外的名字出现，也不要包含网址、商标等信息。