北京通州区企业若发现预包装食品备案申请材料存在不一致的情况，可按以下方法处理：

依据不一致的原因采取对应措施

信息填写错误：若是备案申请书等材料中信息填写有误，应立即更正错误信息，并确保修改后的信息与其他材料及实际情况相符。如营业执照上的经营范围填写错误，需及时修改备案申请书中的相关内容。

材料缺失或遗漏：若发现缺少某些必要材料，如食品销售合同复印件、供货商资质证明等，应尽快补齐。如果是部分材料的关键内容遗漏，如经营场所租赁合同中缺少租赁双方的签字盖章，要及时联系相关方补全。

材料过期或失效：若食品经营许可证、经营人员健康证明等材料已过期或即将过期，应先办理相关证件的续期或重新办理，再提交备案申请。

材料虚假或伪造：如果发现提供了虚假材料，应立即停止申请流程，主动向市场监督管理部门说明情况，重新准备真实、准确的材料。

重新提交申请

整理材料：将修改、补充后的材料按照要求的顺序和格式进行整理，确保材料完整、清晰、一致。

再次审核：在重新提交前，企业内部要对材料进行再次审核，避免再次出现不一致或其他错误。

提交申请：通过北京市市场监督管理局指定的线上平台或线下窗口，重新提交预包装食品备案申请，并关注审核进度和结果。如审核过程中需进一步补充或说明材料，应积极配合。

确定不一致的具体情况

材料内容不一致：检查营业执照复印件与实际营业执照信息是否相符，如企业名称、经营范围、注册地址等；核实食品经营许可证复印件与原件的信息是否一致，包括许可证编号、有效期等；查看备案申请书填写的信息与其他材料是否冲突，如法定代表人姓名、联系方式等。

材料格式不一致：确认复印件是否清晰可辨，是否符合规定的尺寸和分辨率要求；检查电子文档的格式是否正确，如是否为规定的 PDF、JPEG 等格式。

材料与实际情况不一致：比对经营场所租赁合同复印件与实际经营场地的情况，包括地址、租赁期限等；核实经营人员健康证明复印件与实际在岗人员是否对应，健康证明是否在有效期内。