办理北京顺义公司股权变更时，需要缴纳的税费如下：

企业所得税

征税对象：如果转让方是公司而非个人，则股权转让所得需要计入公司的应纳税所得额，并按照企业所得税法的规定缴纳企业所得税。

税率：企业所得税的基本税率为 25%。但对于符合条件的小型微利企业，可能享受较低的税率或税收优惠。

计税依据：计税依据为股权转让所得，即转让收入减去股权原值和合理费用后的余额。

土地增值税（如适用）

征税对象：在某些情况下，如果股权转让涉及到土地使用权的转移，并且该土地使用权符合土地增值税的征税条件，则可能需要缴纳土地增值税。

税率及计税依据：土地增值税的税率和计税依据根据具体情况而定，通常涉及增值额的计算和不同税率的适用。

印花税

征税对象：股权转让过程中，双方签订的股权转让协议属于书面合同，需要缴纳印花税。

税率：根据印花税税目税率表，产权转移书据适用万分之五的比例税率，因此股权转让协议的印花税税率为万分之五。

计税依据：计税依据为股权转让协议上所载的金额。如果协议中未明确载明金额，则按照实际结算的金额计税。

个人所得税

征税对象：当个人股东转让其持有的公司股权时，所得收益需要缴纳个人所得税。

税率：对于财产转让所得，通常适用 20% 的比例税率。但需注意的是，如果转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关可以核定其应纳税额。

计税依据：计税依据为股权转让收入减去股权原值和合理费用后的余额。股权原值通常指个人取得该股权时支付的价款以及相关税费。