如果公司 EDI 许可证年报逾期，可按以下步骤进行处理：

接受处罚

缴纳罚款：主管部门会依据年检违规情节的严重程度，对企业处以 5000 元以上 3 万元以下的罚款。企业需在规定时间内缴纳罚款。

可能被列入不良名单：连续 3 年未按时年检或存在违规操作的企业，会被主管部门纳入不良名单，其经营许可证极有可能被吊销，且吊销后 3 年内无法再次申请，在此期间连正常业务都不得开展。

关注后续影响

信用记录受损：工信部会定期公示不良名单与失信名单，这将极大地损害企业信誉，可能影响企业在其他领域的合作、融资、招投标等活动。

业务开展受限：对于新业务，工信部会视违规情况酌情不予批准；对于已开展业务，则不予续期，从多方面限制业务开展。

及时补报

补报时间：通常在 4 月份可以进行补报。企业应尽快登录 “电信业务市场综合管理信息系统”，按照系统要求填写年报信息。

补报内容：需如实填写企业基本情况表、企业服务质量表、网络信息安全表、业务发展情况表等内容，确保信息真实、准确、完整。

提交书面报告

向通信管理局提交书面报告，说明年报逾期的原因及整改措施，包括企业名称、统一社会信用代码等基本信息，逾期的具体原因，已采取的整改措施以及今后的合规承诺等。